La manutenzione periodica è eseguita con cadenza annuale e permette di verificare la funzionalità e l’efficienza di tutte le componenti dell'opera idraulica (meccaniche, elettroniche, hardware e software). In tale occasione, è previsto anche il dragaggio preventivo del materiale fangoso e limoso accumulatosi nel bacino di ingresso a Mori, al fine di garantire il corretto funzionamento delle paratoie e dei panconi, asportando il materiale che vi si accumula contro, ed evitare che il materiale possa creare intralcio all'operatività delle paratoie e confluiscono nel lago di Garda durante il loro sollevamento.

Le attività di manovra prevedono dapprima l'apertura delle 4 luci, una alla volta, per circa 10/15 minuti, con portata media di circa 25 m3/s, e successivamente vengono aperte tutte e 4 le paratoie contemporaneamente per circa 10 minuti, raggiungendo la portata massima di circa 100 m3/s. Le effettive operazioni di apertura delle paratoie durano in totale circa 4-5 ore. Nel complesso, le operazioni comportano l’immissione nel lago di Garda di una contenuta quantità d’acqua mista a limi e sabbie.

Le operazioni avvengono nel rispetto di precisi protocolli e procedure che stabiliscono modalità e tempi dell’operazione in base alla quantità di limo e sabbie che si depositano nel bacino di carico, fra le griglie di presa e lo sbarramento. Le attività sono monitorate anche dall'Agenzia Provinciale per la Protezione dell’Ambiente (APPA) che esegue i controlli sulla qualità delle acque sia del fiume Adige che del lago di Garda.

Durante il periodo di svolgimento sono vietate la navigazione e le attività in genere sul lago di Garda per un raggio di 200 metri dallo sbocco della Galleria Adige-Garda. Il presidio ed il controllo in prossimità dello sbocco sono garantiti dal personale del Corpo Forestale del Servizio Bacini montani e della Stazione Forestale di Riva del Garda, in collaborazione con la Guardia Costiera e i  Vigili del Fuoco Volontari di Nago-Torbole e Riva del Garda.