Il Servizio Bacini montani si articola in sette Uffici, di cui cinque strutture più propriamente operative, Uffici di Zona, affiancati dall'Ufficio Amministrativo e Contabile e dall'Incarico speciale per la progettazione opere idrauliche in appalto.
L’operatività dei cantieri esterni è supportata logisticamente dal Cantiere centrale, che si avvale anche di altre strutture dislocate sul territorio provinciale (magazzini, piazzali, caselli idraulici, locali logistici).